Нагато родился в Селении Дождя, остался сиротой после гибели родителей в войне Дождя и Листа. Родителей на глазах маленького Нагато по ошибке убили шиноби Конохи. В этот момент у него открылся риннеган, «глаза метапсихоза» и самое могущественное из «трёх великих додзюцу», которое даёт способность контролировать все пять стихий (огонь, ветер, землю, воду, молнию) и таким образом использовать любую технику. В ярости Нагато уничтожает убийц (придя в себя, он не помнит что случилось), и убегает из дома. Бродя по разрушенной стране Дождя он чуть не умер с голоду, но Конан помогла ему и привела его в её и Яхико убежище. Яхико и Конан были такими же сиротами, как и он. Спустя некоторое время, дети наткнулись на Легендарную троицу, и один из них, Дзирайя, взялся за обучение детей искусству ниндзя. Нагато долгое время не показывал особых талантов, пока в один прекрасный момент он, не обладая никакими навыками синоби, легко убил ниндзя из Селения Камня. Дзирайя тогда впервые увидел у Нагато легендарный риннеган. Это дало повод Дзирайе подумать, что Нагато и есть «ребёнок» из пророчества, который произведёт невероятные изменения в мире ниндзя. Спустя три года, Дзирайя окончил обучение сирот и оставил их. Следующая их встреча произошла через много лет, когда Нагато уже стал Лидером Акацуки и, победив в гражданской войне Хандзо Саламандру, захватил власть в Селении Дождя. Произошла битва, в ходе которой ученик победил своего Учителя. После этого он вместе с Конан отправился в Коноху для захвата Наруто. Пэйн — это общее имя для шести тел, обладающих риннеганами (но скорее всего риннеганы тел не обладают всеми возможностями риннегана Нагато). Эту технику он назвал «Шесть Путей Пэйна», а каждое тело — «Миром»(или «Путем») (Мир Дэвов (Бога), Мир Людей, Мир Нарраков (Ада), Мир Прэтов (Привидения), Мир Зверей и Мир Асуров(Демонов)). Выясняется, что тела Пэйна — трупы, приводимые в движение путём передачи чакры от Нагато через пирсинг (предположительно похожей техникой обладает клан Яманака). Каждому из них Нагато передаёт одну уникальную технику, также он может заменить любое тело другим по необходимости. Ради Нагато Яхико совершил самоубийство, когда глава селения Дождя (Ханзо) схватил Конан, предлагая обменять её жизнь на жизнь Яхико. Пэйн обладает способностью накопить энергию в главном теле — Сфере Бога — предварительно отключив остальные пять тел, после чего может многократно усилить основную технику главного тела «Шинра Тэнсей» — испустить огромную гравитационную волну, сносящую всё на своём пути, правда побочным эффектом использования техники в таком объёме является сокращение жизни Нагато. В 429 главе он с помощью этой техники уничтожает Коноху. В 436 главе, наконец, показывается сам Нагато — его собственное тело очень худое, видны все кости. Спина, руки (и, возможно, ноги) подключены к передатчикам чакры, для поддержания которых используется подобие кресла. Позднее Пейн применяет свою секретную технику Чибаку Тенсей, создав с помощью гравитационного поля огромных масштабов каменный шар, поглотивший Наруто. Нагато утверждает, что подобной техникой Рикудо создал Луну. После разговора с Наруто выясняется, что Пэйн всего лишь искал мира, переняв идеи Дзирайи. Но после случая с Яхико его вера во взаимопонимание людей ослабла, и он воспользовался идеей Яхико о необходимости осознать ту же боль, прежде чем люди начнут понимать друг друга. Нагато стал нести боль в этот мир, надеясь, что когда-нибудь эта боль остановит желание начинать войны. Но тем самым он создавал «круги ненависти», которые в своё время обещал Дзирайе разорвать. Воля Наруто не поддаваться ненависти, напоминание о данном обещании заставили Нагато вспомнить собственные мечты детства, которые по иронии судьбы передались Наруто. Нагато признаёт, что хотя в своё время у него не хватило сил поверить в себя самого и поверить в Дзирайю, он может поверить в Наруто, и что именно Наруто должен продолжить поиски мира за него. Путь Пейна заканчивается, когда он ценой жизни оживляет всех людей в Конохе, погибших во время его нападения.