АНБУ из Конохи обычно подчиняются прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий первой части «Naruto», существовал Департамент Подготовки АНБУ известный как Корень , который был основан и непосредственно возглавлен Данзо. С того момента как Данзо начал вести военную политику, что противоречило мировоззрению Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации; по крайней мере нам известны двое (помимо Данзо): один из них Сай, вверенный Команде №7 вместе с Наруто и Сакурой во второй части этой манги; второй - его коллега старшего уровня, к которому тот обращается просто как «сэнпай».
Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: шиноби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сая о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами. Также подразумевалось, что Данзо вместе с Корнем планировал разрушить Селение Листвы, ища сотрудничество с Орочимару. Но вскоре была доказана неверность этих утверждений, поскольку истинная миссия Сая состояла в том, чтобы проникнуть в его ряды и убить Саскэ Учиха, таким образом устраняя возможную угрозу для Конохи. Однако, увидев какие дружеские отношения связывают Наруто и Саскэ, юноша отклоняется от плана и решает защитить эту связь. Девиз Корня : В Корне… нет имён. Нет чувств… Нет прошлого… нет будущего. Существуют только миссии… Это воля нас членов Корня, которая из под земли, невидимая для простого глаза, поддерживает это большое дерево называемое Коноха.
| 
